Một trong những thiết bị được sử dụng nhiều trong công nghệ nano là kính hiển vi quét sử dụng hiệu ứng đường ngầm (Scanning Tunneling Microscope - STM). Nó chủ yếu bao gồm một đầu dò cực nhỏ có thể quét trên bề mặt. Tuy nhiên, do đầu dò này chỉ cách bề mặt của vật cần quan sát vào khoảng vài nguyên tử và đầu dò có cấu trúc tinh vi (kích thuớc cỡ chừng khoảng vài phân tử hoặc nguyên tử), cho hiệu ứng cơ lượng tử xảy ra. Khi đầu dò được quét trên bề mặt, do hiệu ứng đường ngầm, các điện tử có thể vượt qua khoảng không gian giữa bề mặt của vật liệu và đầu dò. Kỹ thuật này làm cho một máy tính có thể xây dựng và phóng đại những hình ảnh của phân tử và nguyên tử của vật chất.

Những phương tiện dụng cụ khác bao gồm:

• Molecular beam epitaxy
• Molecular self-assembly
• Electron beam lithography
• Focused ion beam
• Electron microsopy
• X-ray crystallography
• NMR (nuclear magnetic resonance) spectroscopy
• AFM (Atomic Force Microsopy)
• SEM (Scanning Electron Microscopy)
• TEM (Transmission Electron Microscopy)